وی با وجود بهره مندی کافی از فقه و اصول و سایر علوم اسلامی، مرکز ثقل فعالیت های علمی خود را تفسیر قرآن و تدریس فلسفه قرار داده بودند و این گزینش بر اساس وظیفه های بود که احساس کرده بودند. اینک اصل جریان را از زبان خود ایشان بشنوید:
"هنگامی که از تبریز به قم آمدم مطالعه های در وضع حوزه قم کردم و پس از سنجیدن آنها به این نتیجه رسیدم که این حوزه نیاز شدیدی به تفسیر قرآن دارد تا مفاهیم والای اصیل ترین متن اسلامی و عظیم ترین امانت الهی را بهتر بشناسد و بهتر بشناساند. از سوی دیگر چون شبهات مادی رواج یافته بود نیاز شدیدی به بحثهای عقلی و فلسفی وجود داشت تا حوزه بتواند مبانی فکری و عقیدتی اسلام را با براهین عقلی اثبات و از موضع حق خود، دفاع نماید. از این رو وظیفه شرعی خود دانستم که به یاری خدای متعال، در رفع این دو نیاز ضروری، کوشش نمایم"
تهیه و نشر موسسه بوستان کتاب قم (انتشارات دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم). مرزبان وحی و خرد: یادنامه مرحوم علامه سید محمد حسین طباطبایی قدس سره. قم: موسسه بوستان کتاب، 1381. ص. 65