استاد سید محمد حسین حسینی تهرانی، خاطره­ ی آشنایی و درک محضر مبارک او را اینچنین بازگو می­ کند:

در سنه یکهزار و سیصد و شصت و چهار هجریه قمری، این حقیر برای طلبگی و تحصیل علوم دینی به بلده طیبه قم مشرف شدم، و در مدرسه­ ی حجتیه معروف شد، حجره­ ا­­­­­ی گرفته، و به درس و بحث و مطالعه ادامه دادم. بنای این مدرسه کوچک بود، و آیت الله حجت چندین هزار متر از زمین مجاور را تهیه و در نظر داشتند مدرسه را توسعه دهند و بنای عظیمی که به سبک همان مدارس اسلامی می­ باشد، و حاوی حجرات بسیار و مدرس و مسجد و کتابخانه و سرداب و آب­ انبار و سایر مایحتاج طلاب باشد، به طرز صحیح و بهداشتی و با فضای بزرگ و روح­ افزا برای طلاب بسازند. هر چه مهندسین از تهران و غیر تهران آمدند و نقشه­ های متنوع و مختلفی کشیدند، مورد نظر آیت الله واقع نشد، تا بالاخره شنیدیم، سیدی از تبریز آمده و نقش ه­ای کشیده است که مورد نظر و تصویب ایشان قرار گرفته است.

ما بسیار مشتاق و مترصد بودیم که این سید را ببینیم، و از طرفی نیز شایق بودیم که درس فلسفه بخوانیم، و در آن اوان، عالم جلیل فخرالحکما و الفلاسفه آیت الله حاج میرزا مهدی آشتیانی (قدس­الله نفسه) به قم مشرف شده، و قصد تدریس داشتند و چند ماهی توقف کردند، و به یکی از دوستان عزیز ما قول داده بودند که درس خصوصی فلسفه را از منظومه­ ی سبزواری برای ما بگویند، و ما در آستانه­ ی­ شروع بودیم که ایشان بغتنا از اقامت در قم انصراف حاصل نموده، و به تهران بازگشتند.

در همین احوال شنیدیم، آن سیدی که از تبریز آمده و نقشه­ ی ساختمانی را کشیده است، به نام قاضی معروف و در ریاضیات و فلسفه زبر دست، و نیز درس فلسفه­ ای در حوزه شروع کرده­ است. اشتیاق ما برای دیدار و ملاقات با او زیاد شد، و مترصد بودیم به منزلش برویم و به بهانه­ ای از او دیدار کنیم، تا آن که یکی از دوستان ما که در مدرسه ما رفت و آمد داشت و فعلا از علمای رشت می­باشد یک روز به حجره آمده و گفتند: آقای قاضی از زیارت مهد برگشته، بیا به دیدنش برویم!

چون به منزل ایشان وارد شدیم، دیدیم که این رجل معروف و مشهور همان سیدی است که ما همه روزه در کوچه­ ها در بین راه او را می­ دیدیم، و ابدا احتمال نمی­ دادیم که او از اهل علم باشد، فضلا از تبحر در علوم، با عمامه­ ی بسیار کوچک از کرباس آبی رنگ، و دگمه­ های باز قبا، و بدون جوراب با لباس کمتر از معمول، در کوچه­ های قم تردد داشت، خانه نیز بسیار محقر و ساده بود.

ما معانقه کردیم و نشستیم و گفت و گو و سخن از اطراف و جوانب پیش آمد، دیدیم: نه واقعا این مرد جهانی است از علم و درایت ادراک و فهم! و برای ما خوب مشهود شد که:

هر آن کو ز دانش برد توشه­ ای      جهانی است بنشسته در گوشه­ ای

در همان مجلس، شیفتگی و ارادت به ایشان یکباره اوج گرفت، و تقاضا کردیم یک درس خصوصی فلسفه، برای ما بیان کنند، که آزادانه بتوانیم در بین درس و بحث و گفت و گو پرداخته، و اشکالی در مطلب باقی نماند. ایشان با کمال بزرگواری پذیرفتند.

پس درس فلسفه رابرای ما در مدرسه شروع کردند، و با آن که بنا بود خصوصی باشد، طلاب مطلع شدند، و در روز اول قریب یک صد نفر مدرسه را پر کردند، و ایشان درس را شروع کردند. در عین حالی که در بین درس نیز به قدر کافی بحث و گفت و گو به عمل می­ آمد، و لیکن به علت تراکم جمعیت صلاح نبود که اشکالات و ایرادات از سطح معمولی درس بالا رود، بنابراین این برای روشن شدن بعضی از مطالب، پیوسته ما پس از خاتمه­ ی درس تا در منزل به همراه ایشان می­ رفتیم، و در راه همواره گفت و گو بود.

نظری، مرتضی. آن مرد آسمانی: خاطره­ های از زندگی فیلسوف بزرگ شرق، آیت الله سیم محمدحسین طباطبایی. تهران: دفتر نشر فرهنگ اسلامی، ‎1382. ص. 29