وقتی یکی از شاگردانش به خاطر این فاجعه­ ی مولمه پیام تسلیتی برای استادش فرستاد، ایشان در پاسخ تسلیتی که برای وی فرستاده بود، با آن که چندین بار حمد خدا را بجا آورده و جملات الحمدالله و لله الحمد تکرار کرده، نوشته ­اند:

"با رفتن او برای همیشه خط بطلانی به زندگانی خوش و آرامی که داشتیم، کشیده شد."

باری این بانوی فداکار در جوار بارگاه حضرت معصومه (س) در قبرستان مرحوم آیت الله حائری یزدی در قسمت الحاقی دست چپ در یکی از بقعه­ های خانوادگی دفن شدند و علامه طباطبایی تا سه چهار سال پس از فوتش هر روز سر قبرش می­رفتند و بعد از آن هم که فرصت کمتری داشتند، به طور مرتب دو روز در هفته، یعنی دوشنبه­ ها و پنجشنبه­ ها، بر سر مزارش حاضر می­ شدند و امکان نداشت این برنامه را ترک کنند، و می ­گفتند:

"بنده ­ی خدا می ­بایستی حق شناس باشد، اگر آدم حق مردم را نتواند ادا کند، حق خدا را هم نمی­ تواند ادا نماید"

یکی از شاگردان برجسته و محترمش، آیت الله شیخ یحیی انصاری، می­ گفت: وقتی همسر علامه مرحوم گردید، ایشان پولی را به من داد تا به کسی بدهم تا یک سال هر شب جمعه برای آن مرحوم در حرم مطهر، زیارت حضرت فاطمه ­ی معصومه سلام الله علیها بخواند.

نظری، مرتضی. آن مرد آسمانی: خاطره­ های از زندگی فیلسوف بزرگ شرق، آیت الله سید محمدحسین طباطبایی. تهران: دفتر نشر فرهنگ اسلامی، ‎1382. ص. 86