آیه الله مصباح یزدی در مورد درس اسفار ایشان داستانی را نقل می­ کند که برای همه شنیدنی است:

یک وقتی از طرف افراد کوته نظر به درس فلسفه ایشان اعتراضاتی شد؛ از جمله بعضی شهرها، از جمله مشهد و نجف؛ به مرحوم آیه الله بروجردی نامه نوشتند که چرا در حوزه علمیه قم، درس فلسفه رسمی وجود داشته باشد که صدها نفر در آن شرکت نمایند. بالاخره این قدر فشار آورند به مرحوم آیه الله بروجردی که ایشان پیشکارشان را خدمت آقای طباطبایی فرستاده و پیغام دادند که "من با فلسفه مخالف نیستم خودم هم در اصفهان پیش مرحوم جهانگیرخان فلسفه خوانده­ ام، ولی آن فلسفه­ ای که ما می ­خواندیم، با آن فلسفه ­ای که شما تدریس می­ کنید، فرق دارد. آن زمان استاد، شاگردهایی را برای تدریس فلسفه انتخاب می ­کرد و کسانی را که استعداد و صلاحیت نداشتند، اجازه نمی­ داد در درس شرکت کنند، ولی شنیدم که درس شما عمومی است و افرادی شرکت می­ کنند که استعداد درک همه مطالب را ندارند؛ به همین مناسب استاد ما درس فلسفه را در یک اتاق دربسته ­ای می­ گفت و همان شاگردانی که صلاحیتشان مشخص می­ شد، شرکت می­ کردند، ولی درس شما عمومی است و هر کس که می­ خواهد، شرکت می­ کند و لذا اگر شما صلاح می­ دانید، درستان را محدود کنید که قدرت درک پاسخ شبهات را داشته باشند."

مرحوم آقای طباطبایی می­ فرمودند: "من یک جواب شفاهی به پیشکار آیه الله بروجردی دادم، ولی ترسیدم که ایشان نتواند درست برای آقا بیان کند، لذا نامه­ ای نوشتم" و خلاصه نامه را نقل کردند که مضمون آن این است:

"من وقتی وارد قم شدم، یک مطالعه­ ای در وضع موجود حوزه قم کردم و نیز فکری در نیازهای جامعه اسلامی نمودم. اینها را با هم سنجیدم. دیدم جامعه اسلامی ما نیاز دارد که اسلام را از منابع اصیل خودش بشناسد و بتواند از معارف اسلامی دفاع کند، که وظیفه روحانیت در درجه اول همین است ... بنابراین ما در حوزه باید درسی داشته باشیم که طلبه را آن چنان از لحاظ استدلالی عقلی قوی کند که بتواند عقاید اسلامی را اثبات کند و از مواضع اسلام دفاع نموده و شبهات را رد کند و این جز از راه فلسفه میسر نیست ... این که فرمودید: در آن زمان افرادی انتخاب می­ شدند تا برای آنها درس فلسفه گفته شود، با زمان ما تفاوت دارد، فرق آن است که در آن زمان شبهات اعتقادی در کتب و بحث­های فلسفی عنوان می­ شد و درصدد پاسخگویی آن بر می­ آمدند، اما امروز شبهات اعتقادی و الحادی نقل قهوه خانه­ هاست. شبهات بین مردم پخش شده است و چون عام و فراگیر است، باید توان جوابگویی به اینها عمومیت پیدا کند. دیگر نمی­ شود چند نفری را انتخاب کرد و به آنها درس گفت و به این وسیله به شبپهاتی که همه جا پخش شده است پاسخ گفت. آنگونه تدریس با این زمان تناسب ندارد. تربیت چند نفر دردی را دوا نمی­ کند و در پایان این نظری است که من دارم و برای خودم بر اساس آن واجب شرعی می­ دانم، ولی در کنار این قضیه، اطاعت از شما و جلوگیری از شق عصای مسلمین را هم واجب می­ دانم. اگر شما امر بفرمایید من آنچه را که وظیفه خودم تشخیص داده­ ام عمل خواهم کرد."

این نامه را برای مرحوم بروجردی فرستادند. ایشان مجددا پیشکارشان را فرستاده بودند که شما هر چه تشخیص می­ دهید، عمل کنید. و در این بین چند روزی طول کشید و ایشان درس­ هایشان را تعطیل کرد. برای ما که در جریان نبودیم که چه شده است، مایه تعجب بود که چرا درس­ ها تعطیل شده است. بعدا متوجه شدیم که ایشان به احترام و فرمایش آقای بروجردی درس شان را تعطیل کردند و بعد که اجازه دادند، مشغول تدریس شدند. این رفتار مخلصانه و مودبانه ایشان پشتوانه قوی شد تا دیگران به درس­های ایشان اعتراض نکنند.

تهیه و نشر موسسه بوستان کتاب قم (انتشارات دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم). مرزبان وحی و خرد: یادنامه مرحوم علامه سید محمد حسین طباطبایی قدس سره. قم: موسسه بوستان کتاب، 1381. ص. 89